西南交通大学档案馆是学校的业务部门，与校史馆合署办公，下设综合档案室、人事档案室和校史办公室。档案馆负责全校行政、财务、基建、科研、教学等各类综合档案和教职工档案、学生档案管理，负责校史馆建设、运行、管理和校史资料的征集、研究。档案馆现有工作人员16人，其中研究生学历6人。截至2018年底，馆藏档案15个门类、23万余卷，档案库房面积1100余平方米。

1949年，中国人民革命军事委员会铁道部接管学校后，明确由校长办公室文书科负责学校的文书档案。1960年，学校成立档案室，由校党委办公室主任兼任档案室主任。1987年，成立档案馆，挂靠校长办公室。1991年，档案馆成为独立建制单位。1996年，档案馆通过国家档案局组织的科技事业单位档案管理二级评审。

西南交通大学档案馆馆藏文献资料丰富，内容覆盖面广，时间跨度长，较为完整地记载了西南交通大学从建立至今创建、发展、壮大的历程，其中不乏珍贵收藏。馆藏珍品有：山海关北洋铁路官学堂1900届毕业生张孝基毕业证书；中国科学院、中国工程院院士张维、林同骅等一大批科技人才在校求学档案；百年校庆时江泽民同志的亲笔题词；英国前首相卡梅伦致学校的贺信等。

档案馆面向全校师生校友开放服务，提供个人档案查询复印、综合档案查询复印等服务，开放服务时间为周一至周五（8:30-11:30，14:00-17:00，寒暑假及国家法定节假日除外；周四下午为学习时间）。

除日常档案业务之外，档案馆积极进行档案编研和校史研究。多年来，编印了三十多期《校史资料选辑》，组织编写出版了《西南交通大学史》（五卷）、《当祖国召唤的时候》、《走进交大每一天》等校史文献。

作为教育部直属高校档案工作协会理事单位、四川省高校档案工作协会常务理事单位、成都市档案学会高校学术委员会副主任委员单位，在新的历史时期，西南交通大学档案馆将不断提升业务能力和服务水平，努力为学校发展做出更大贡献。